Son microcontaminantes naturales de origen fúngico presentes en los alimentos que afectan la salud de los consumidores incluso a dosis subtóxicas, debido a la ingesta continuada a lo largo de toda la vida. Actualmente se dispone de concentraciones máximas tolerables legisladas para algunas de ellas, generalmente las causantes de brotes epidémicos en animales y personas. Si bien diversos autores atribuyen a estos y otros microcontaminantes problemas relacionados con deficiencias en la inmunidad, en el funcionamiento renal, en el desarrollo del sistema nervioso y en las patologías cerebrales de los adultos, entre otras.
Los principales hongos productores de micotoxinas corresponden a los géneros Aspergillus, Penicillium y Fusarium. Cada uno de estos géneros puede generar diferentes tipos de micotoxinas, de la misma forma que un determinado tipo de micotoxina puede ser producida por diferentes especies de hongos. Las principales especies son:

El avance en las metodologías analíticas, las técnicas toxicológicas, las
omicas, los procesos de descontaminación, las nuevas micotoxinas, etc. hacen
conveniente y necesario el estudio de la presencia del conjunto de las MTs
conocidas en los alimentos, los productos derivados que se forman en los
alimentos y, la influencia de los procesos digestivos en la absorción
intestinal, la alteración de los mecanismos celulares comprometidos, la
sinergia entre las diferentes MTs y metabolitos, la búsqueda de elementos
indicadores de la ingesta en materiales biológicos, la descontaminación natural
por tratamientos culinarios y mediante nuevos productos considerados a priori
como GRAS, etc.
Otros aspectos importantes son los relacionados con los hongos productores de micotoxinas, como son el desarrollo de métodos rápidos, específicos y fiables para su detección, así conocer los mecanismos genéticos y ambientales que determinan la producción de micotoxinas.
Desde el punto de vista de la higiene alimentaria, la mejor forma de prevenir el peligro por micotoxinas en alimentos es evitar su síntesis en los mismos. Para ello, son útiles dos aproximaciones complementarias: la detección precoz de mohos toxigénicos y el control de su desarrollo en alimentos.
Por una parte, resulta útil contar con métodos que permitan una detección precoz de los mohos toxigénicos en estadíos previos a la producción de micotoxinas. El conocimiento de genes relacionados con la síntesis de micotoxinas ha permitido el diseño de procedimientos basados en qPCR para la detección de mohos productores de las principales toxinas que se desarrollan en los alimentos. Por ello una de las herramientas más eficaces es el desarrollo de métodos de qPCR optimizados para las fiferentes matrices alimentarias en que pueden desarrollarse los mohos toxigénicos.
Por otra parte, las condiciones en las que debe llevarse a cabo el proceso de elaboración de alimentos crudos madurados (quesos, jamones, embutidos), no permite utilizar métodos que eliminen de forma total el crecimiento de mohos, dado que la población fúngica contribuye decisivamente a las características deseables de este tipo de alimentos de larga maduración. Una primera estrategia es la aproximación ecológica, aprovechando el efecto que los principales factores ecofisiológicos y los ingredientes que se utilizan en la elaboración de estos productos tienen sobre el crecimiento fúngico y la producción de las toxinas. Otra estrategia útil para inhibir el crecimiento de mohos toxigénicos es la utilización de cultivos protectores seleccionados a partir de microorganismos que se desarrollan habitualmente en estos productos, como bacterias lácticas, levaduras y mohos productores de proteínas antifúngicas. La utilización de estos microorganismos en la industria alimentaria requiere caracterizar los posibles compuestos activos, el efecto conjunto sobre los mohos toxigénicos y el diseño de estrategias para potenciar su actividad, como puede ser mediante el control de los parámetros ambientales. Además, el desarrollo de nuevos procedimientos de PCR en tiempo real que permitan cuantificar la expresión de genes implicados en la síntesis de micotoxinas serán de gran utilidad para evaluar la eficacia de las estrategias conjuntas de biocontrol y control de factores ecofisiológicos que algunos de los grupos participantes en la Red están diseñando para el control efectivo de mohos toxigénicos en almentos madurados.